無償で公開されているオープンソースプロジェクト「ネクストストレイン」（Nextstrain.org）は、アウトブレイク（集団感染）を起こした病原体の博物館のようなものだ。世界各地の研究機関が、患者から採取したウイルスの遺伝子配列データをここに投稿する。ネクストストレインはそのデータを使って、感染の広がり方を示した世界地図や、ウイルスの系統樹を描き出している。（参考記事：「オープンソースな養鶏は可能か―――遺伝子を企業支配から解放する」）
ネクストストレインが取りこんだ新型コロナウイルスのゲノムは、3月末の時点で2000を超えた。データからは、感染の拡大とともにウイルスが平均15日ごとに変異していることが明らかになっている。
「変異」などと聞くと恐ろしげな想像をしてしまうかもしれないが、ウイルスの有害さが増しているという意味ではない。単に変化しているというだけで、むしろ、ウイルスがどこから来たのかを迅速に知れるうえ、起源に関する妄言も否定できる。
「これらの変異は完全に無害で、ウイルスの拡散の仕方を解明するパズルのピースとして役に立ちます」。ネクストストレインの共同設立者で、米ワシントン州シアトルにあるフレッド・ハッチンソンがん研究センターの計算生物学者トレバー・ベッドフォード氏はそう話す。
新型コロナウイルスを追跡するこの手法は、深刻なパンデミック（世界的流行）の報道があふれる中で、ひときわ明るく輝いている。同様の手法は、過去にジカ熱やエボラ熱などの感染症が流行した際にも、重要な役割を担っていた。
しかも、遺伝子解析のコストの低下とスピードや効率の向上により、世界各地の研究者がほんの少人数で、新型コロナウイルスの感染経路をこれまで以上に速やかに解明できるようになった。その結果は、特に検査が追いつかない場所で、感染を封じ込める戦略から感染ペースを緩和する戦略に移行するべきか否かを判断するのに役立つはずだ。（参考記事：「21世紀の生物学を支える「次世代シークエンサー」とは」）
「5年前にエボラ熱が流行したときには、サンプルを採取してから、ゲノムの塩基配列を決定しデータを公開するまでに1年かかりました」とベッドフォード氏は言う。「今では2日から1週間でできるようになりました。これらの技術をリアルタイムに利用してアウトブレイク対策に生かせるようになったのは、今回が初めてです」（参考記事：「エボラ出血熱はどのように広がるのか」）
https://pbs.twimg.com/media/EUSbHuAU4AAUHb8?format=jpg&name=small
ベッドフォード氏の研究室が新型コロナウイルスを追跡し始めたのは、2月から3月にかけてワシントン州で感染者が増えだした頃だった。公衆衛生当局は当時、患者の旅行歴を追跡し、接触した疑いのある人を突き止めることに注力していた。
一方、ベッドフォード氏らは、20人以上の患者の鼻から採取したサンプルを分析し、遺伝子の解読を始めた。新型コロナウイルスがどこで、どのように変化したかを追跡していくと、驚くべき事実が明らかになった。シアトルで最初に感染者が見つかった1月21日以降、何週間もの間、シアトルの人々の間でウイルスがいわばひっそりと培養され続けていたのだ。最初の患者は、中国の武漢を訪れた35歳の人物だった。
別の言い方をすると、軽症で病院にかからなかった人や、検査を受けていなかった人々が、知らないうちに新型コロナウイルスを広めうることが科学的に証明された。この発見から、感染スピードを遅らせる都市封鎖、学校・職場・店舗などの閉鎖、他人と一定の「社会的距離」を保つなどの対策が、世界中で次々と打ち出されることになった。
「ゲノムデータは、ウイルス感染がどのように拡大するかについて、より多くのことを教えてくれます」とベッドフォード氏は話す。
ネクストストレインの可視化ツールは、新型コロナウイルスについて知りたいという市民の欲求も満たしている。そう評価するのは、米カリフォルニア州にあるスクリプス研究所の計算生物学者で、西ナイルウイルスやジカウイルスなど1000種類以上のゲノムデータをネクストストレインに投稿しているクリスチャン・アンダーセン氏だ。
全文はソース元で
2020.03.31
https://natgeo.nikkeibp.co.jp/atcl/news/20/033000204/?P=1
- 操作が難しいので慣れるまで大変よな
- マスク2枚で防げる
- コロナウィルスが広がってるのでは無い、人が運んでる
- こういう掘り下げた素早い研究を山中先生には期待してたんだけどなあ
- >>7
専門が違う人になぜ期待するのかよくわからんわ - >>7
なぜ山中先生に？ - >>7
専門が全く違う - 中国『まずい』
- >>8
中国『まずい。起源は韓国アル』 - １５日で変異かあ
絶望的だなｗ - 武漢のどこから出たか特定はよ
- >>1
なげーよ。 - ハンタウイルスといい
不自然だよなぁ？ - >>1
潜在感染者が多数存在するが
満員電車はok
学校はok
パチンコもok - >>16
あべえ「まあ、駅員の感染者報道が無い以上は・・・ってことで - 起源は武漢で作られたウイルス兵器と判明だろ
- 結構タチ悪いな！
- 漫画版ナウシカの粘菌も人為的遺伝子操作で兵器化したうえで、結局手に負えなくなるんよね
- >>19
王蟲で中和したやんけ
もっとも王蟲もナウシカも改造生物やけどな - わざわざアホ学生のゴミクズどもが3月に欧州旅行であっちのウイルス持ち込みやがった
- >>1
検査の必要性以外の何物でもないな
これ、テレビで取り上げてほしい - >>23
これみて感染自体は止められない、って理解できないやつは相当の馬鹿だと思う。
- 完全に無害、ではないだろう
その中からより拡散しやすく、寄生主に取り付きやすく、長く感染してられるよう変異したやつが適者生存でより大きく感染を広げるってだけ人間にとっては無害じゃないどころか、最悪な変異になる
- 兵器かよ
- ソレは良いんだが、ワクチン製造には約にたつのか？ということだよ
官民学一体でさっさとやってくれよ - >>30
変異するのにワクチンはできないよ
いけそうなのが武田の抗体治療法か - >>34
でもジョンソン・エンド・ジョンソンは来年頭にワクチン出すつってるよ - >>38
株価対策 - >>38
今の型に対応するワクチンでしょ？
この変異スピードだと臨床終わる頃には役立たずになってる可能性が高い。 - 志村けんが苦しんで死んでゆく映像はないのか
そんなの見せられたらみんなおとなしくしてるだろう - >>32
志村けんさんは高齢で高リスクだったので、映像公開しても共感者は一部だよ20台女性くらいの看護師さんが治療の過程で罹患して苦しんでる姿を公開してくれたら、皆が怖さを実感すると思う
- >>62
>20台女性くらいの看護師さんが治療の過程で罹患して苦しんでる姿を公開してくれたら逆に、変な性癖に目覚める男が現れるからダメ
- >>64
メインはそっちの人になるだろうね。 - ワクチン開発間に合うの・・・？
- 日本は都市封鎖しません
- 中華程度の科学レベルの
ウィルスｗ本気になった先進科学立国に
バレないと思ってる浅はか差に、爆笑もんだ
鎮静後の中華を吊るし上げるサマが思い浮かぶわ - こんなもん事後報告だな・・
今はウイルスの感染力
感染者が1人いたら
どんなシチュエーションでその周りの人にどんな形で感染していくのか
そういうのを解明してくれよ - >>43
早めに検査をたくさんして都市封鎖するのがやはり有効だと言っているわけで
日本政府の方針に一石を投じる内容だと思う - >>47
検査精度が100%ならな。 - >>47
感染助長が完全にミステイクだな
コロナは撲滅が必要なウイルスなんだろうな
日本人以外の犠牲者が多過ぎる - RNAの変異はそんなに早いのかぁ
- >>44
まあ、その都度、違った人間の
遺伝子を使って変異する。
風邪も同じ。だから、風邪やコロナに効く
ワクチンは無理だろう
対症療法や他の感染に気をつけるしかない。 - パパ活で女子大学生に新宿で会って援助してあげないと
学費が大変なんだよ - １００種類もいるんだって orz
- 通勤バスもそうだよなぁ・・・・
停止しないと - ワイドショーの司会者がコロナ陽性になったら
テレビ業界パニックだな - 日本の専門家とやらも少しは役立つ仕事しろよ
- 人工的なものなのかは
いつ判明するのか - おまえらも解析プロジェクト参加しる
- 感染経路は多分セックス
だからおまいらは感染しない （´・ω・`）
- ゲノムゲノム五劫の擦り切れくりぃーむしちゅー
って言うしね
- てかコロナはかなり前からもしかして存在してた？
- >>69
昔から風邪の原因物質ニュータイプが新登場で爆発的人気
みたいなもん - >>69
日本古来からの主要な風邪のひとつ
日本人はコロナ耐性を身につけてきた可能性あり
たぶんそういうのも今回効いてる - すげぇな
日本の新型コロナは中国から直接来たのと、台湾、香港経由の2パターンあるのな
アメリカ変異種の赤やEUの水色を入れたらやばいのは分かる。絶対阻止しとけ - よく見てみろ
日本の遺伝子データはほとんど無い（数件のみ）
最新は２月初旬
やっぱり岡田先生がいうように、感染研でデータを抑えているのだろうか？ - >>71
これな
日本からのデータ提供は2月の早い段階で3～4件、その後一切追加されてない
個々の病院や大学、研究機関が自由にデータ提供できる仕組みなのに、日本は誰かの指示で一斉に止められてるとしか思えない不自然な状態 - 中共「米帝の妄言を断固として拒否するアル」
- しかし、人間はつくづく弱いな・・・。
- ほえー凄いな感心するわ
- 安全だという根拠が何ら示されていない
- インバウンド狙いで味噌も糞も来させた付けだな、しかし人類の進化には必要なのだろうか
- これ面白いけど日本のデータ少なすぎるし最近のサンプルがない。研究者はもっとデータ取って入れてくれよー。国内の広がり方が全然わからん。
湖北から直行の他、上海、広東、香港あたり経由っぽく入ってきてるのが多かったような。
確か一つイギリス、アメリカ経由っぽいのがあったかな。 - コロナが他国に移った時点で変異して大爆発
解せない
変異させて移して大爆発のように見える - >>87
他国に移る≒飛行機で移動＝紫外線や放射線で変異
なんだと思う。 - あまり変異しない説 無症状の人が感染を広めることはない説
未知のウィルスだけにいろんな説が乱立してるな - 人海戦術でどんどんゲノム情報集めれば全体の感染が見えてくるんだな
極めて数理的で面白い
古い検体も調べればどこが発生起源なんか科学的に分かる
なんかwikipedia の記事の編集履歴をたどるのに似てる - コロ助ってAIに設計させたウイルスってことないよな？自我に目覚めたAIが人類を消しさるために作り出したとか。巧く出来すぎている。
- 感染しても重症ならない
重症化するのは爺婆ばかりだもんな - 15日サイクルって感染して治る頃変異して
抜けきれてないと抗体ができていても再発するっていう話か？ - かなり前から知られてただろ
変異の枝分かれから出処を追えるってやつ - >>95
中国の医者が突き止めて論文だしたが消されたのが去年10月、消されるということはそれ以前に何か重大なことを当局はしってたという証 - >>1
たった2週間で変異するのならば、全数検査も2週間ごとに行わなければ無意味ということ
すでに過去の検査で陰性判明はデータとして価値が無い - >>96
コロナウイルスの基本構造は変わらんのだから
それに固有の抗体は有効だろ
意味が無いなんてことはない - >>102
おまえインフルエンザウィルス用のワクチンに種類あるのを理解できないの？
- ＞最初の患者は、中国の武漢を訪れた35歳の人物だった
ここだけ覚えておくわ
- この先生、L型S型も大した違いは無いのではないかといってるよね。
そもそも元の論文の英語が分かりにくくて間違って伝わってデマっぽくなったらしい。 - >>99
ACE2にたくさんつくかつかないかだろうな
ところでL/Sのたんぱくだけを作れんのかな
先にくっ付けとけばよくね - >>125
免疫不全かよ(笑) - 日本は大丈夫だからみんなあんしんしる
ただしいつまでも終わらない海外から強い奴（強コロナ）が入ってくるから注意
- あと11月からイタリア、アメリカでコロナが流行ってたというデマはこのデータで否定できる。
- 首都封鎖はないらしいほとんど
デマを信じるな暖かくなればコロナ弱まるからそれまでだから辛抱しろと
- >>1
だからといって自分の明日からの行動が変わるわけではないけれど、こういう記事は好き - >>1
これ見ると、イタリアの方のヤバいやつは、かなり初期に株別れしてるな
ただ、アメリカのやつは、やっぱ黄色人種から広まってる
日本と同じ株のやつが、アメリカで進化して強毒化してるから、黄色人種はアメリカに土下座するしかないな
今は、日本が欧米のヤバい株を逆輸入してる状態だが - >>112
どう見ても原因は武漢
黄色人種でひとくくりにしてるが、土下座しないといけないのは中国だぞ - ようするに、人体＝使用中のパレットのようなもので、コロナ＝筆って言いたいんだろな
１種のコロナが次々にパレットに飛び移って行ってるけど、後から入念に調べれば、どのパレットから移ってきたのかを逆算して調べられるとずっと思っていたんだ。できれば俺は美少女から感染したかったと
- ひときわ明るく輝いて居たい
>>1
いいことです - 最初から言ってるが、国境閉鎖に意味が無いってこと。
一人入っただけでもエピデミックする。
- 筒井康隆がその著作の霊長類南へで
おバカな中国人技術者のドタバタで
人類が滅亡する未来を描いていた
まさに今回そのもの
筒井康隆は予言者 - クリーンルームみたいに
クラスター1
クラスター10
クラスター100
とかレベル分けしないと - シアトルで流行ってる新型コロナは武漢から持ち込まれたと判明したわけか
- この系統図があるから、中国が発生源と誰でも解っちゃうというね
- 日本は2月頭に武漢-上海-東京て感じできた感じ？
まんま人の流れ・・・
最新だと欧州のも来てるんだろうけど - な？言っただろ？ウイルスは増殖時に宿主のDNAを利用する、
それをレコードしてるので追跡可能だってな - 初期症状に結膜炎ってあったよな？
人生初めて一月末に結膜炎になったんだが
あれコロナだったのかな？ - 変異って悪いほうに変異することはないということなのかな
なんか安全ステマのようにも思えるが - 基本構造を変えてしまうウイルス？
免疫グロブリン投与（血液から作るから量産化無理だろうな。）が有効かも？
自己治癒力上げる。感染経路を絶つ。飛沫感染、動物との接触
タッチパネル・現金とかとにかく触れるものに徹底した消毒だな。
感染しないこと。 - 構造が変わるほどの変異なら
もう別種なんじゃないの - >>143
コロコロ変わるからコロナという名がついたという
説があるよ？ - >>144
エイプリルフール終わったぞ - ワクチンは出来ないのかね
- 検査拒否の安倍さんに聞かせてあげて
- やっぱり変異が早いみたいだけど
獲得した抗体が無効になるようなものなのかどうなのか - 案外、コロナの先祖返りの途中かも？
武漢周辺て、恐竜の化石も多い。氷土や閉じ揉められた琥珀から解放され
こうもりが媒介とか？ - こういうの人の動き前提なんだよね
もう、一度ばらまかれたウィルスが何週間も環境中に残ること示されてるんだよね。
2週間後にはそこらじゅうの壁とかからRNS抽出して検査してるよ。 - ウイルスを光らせるなどして可視化するような技術を開発しろよ
- やっぱり武漢ウィルスが正しかったな
- このウイルスは感染すると抗体ができるんですか？
- 肝心のどういうふうに広まったかっていうのがほとんど書かれてなくね？
がっかり記事だったわ - 鉄道の30倍以上もの温室効果ガスまき散らして気候変動させて災害連発させて人殺し続けてる
天下り税金泥棒航空関係根絶やしになるまで変異しまくって蔓延し続ければいいよ - 今日、中国で新たなアウトブレイク。６０万人都市がロックダウン。
- >>1
じゃあ1月21日からすぐにシアトル封鎖したらシアトル発の拡大は防げたな
まあ同時多発的に始まるだろうけど
新型コロナウイルスはこうして広がっている、遺伝子技術で判明
ニュー速＋
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