表向きは小山田圭吾が自ら辞任を申し出ましたが、実際には官邸が辞任を主導した形です。

https://news.yahoo.co.jp/articles/3101dbdbe76ee72f314b634965908214afe34ef3
五輪直前…小山田氏“いじめ問題”で辞任の意向　背景に官邸の「危機感」

東京オリンピックの開会式に作曲担当として参加している小山田圭吾氏が、辞任する意向を明らかにしました。
背景には、政権幹部の強い危機感がありました。

小山田氏が過去に同級生や障碍者をいじめていたなどと、雑誌のインタビューで発言していたことを政権幹部らが把握したのは、数日前のことでした。

ある政権幹部は「いじめの内容がひどすぎる。
多様性や人権を重視するオリンピック憲章にも反するし、このまま残すわけにはいかない」と語るなど、辞任は不可避との認識を示していました。

一方、組織委員会側は「いま、辞任をさせたら開会式に間に合わない。謝罪文で十分ではないか」と難色を示したということです。
この間、政府と組織委員会で水面下で調整が進められていましたが、ある政府関係者は１９日夜、「菅総理をはじめとする官邸の拒否反応が強く、最終的には組織委員会側が折れた」と話しました。

表向きは小山田氏が自ら辞任を申し出ましたが、実際には官邸が辞任を主導した形です。